شش زیرگونه از شترمرغ شناخته شده‌است: 

شترمرغ آفریقای جنوبی 
شترمرغ شمال آفریقا
شترمرغ ماسائی
شترمرغ عربی
شترمرغ سومالی
شترمرغ استرالیایی یا امیو